第一，立法是流域综合管理的基础。立法对流域综合管理的重要性在于：立法确立了流域管理的目标、原则、体制和运行机制，并对流域管理机构进行授权。例如南非《水法》依据可持续性、公平与公众信任的原则，通过水所有权国有化与重新分配水使用权，公平利用水资源，确保水生态系统的需水量，将决策权分散到尽可能低的层次，并建立新的行政管理机构。《欧盟水框架指令》的主要目标是在2015年以前实现欧洲的“良好水状态”，整个欧洲将采用统一的水质标准，地下水资源超采现象将被遏制。
第二，建立有效的流域管理机构是实施流域综合管理的体制保证。各国流域管理机构均根据相关立法、协议或政府授权而建。例如莱茵河流域的管理机构就通过国际协议建立了莱茵河航运中央委员会、莱茵河国际保护委员会（1950年）和莱茵河国际水文委员会（1951 年）。墨累－达令河流域通过联邦政府与州政府的《墨累－达令河流域动议》建立了部级理事会、流域管理委员会和社区咨询委员会。美国根据流域法律成立了田纳西河流域管理局，通过联邦政府与州政府的协议建立了特拉华河流域委员会。加拿大弗雷泽河流域根据广泛接受的《可持续发展宪章》建立流域理事会。美国和加拿大通过国际协定建立了国际联合委员会，处理两国跨界河流问题。
流域机构和管理模式的多样化反映了流域独特的自然人文特点、历史变化和国家政治体制。流域管理机构是流域综合管理的执行、监督与技术支撑的主体，但不同的流域管理机构在授权与管理方式上有较大的差别。流域管理机构作为利益相关方参与的公共决策平台，其权威性往往是各种利益平衡的结果与反映。有效的流域管理机构通常有法定的组织结构、议事程序与决策机制，其决策对地方政府有制约作用。虽然流域管理机构的权限范围会随着流域问题的演变而有所调整，其权威性也会受到来自地方与部门的挑战，但符合国情与流域特点的流域机构依然是流域综合管理的体制保障。
第三，流域管理的合理权利结构是流域管理有效实施的保障。在流域综合管理的框架下，对支流与地方的适当分权是流域管理落到实处的重要保障。例如莱茵河流域管理机构建立了统一的标准和强化机制，但责任分摊；墨累－达令河流域有18个属于非营利机构的支流委员会，负责所在流域生态恢复计划的制定与项目设计等，每个支流委员会的主席是流域社区咨询委员会的委员；南非成立了19个流域管理区，每个流域管理区由9－18 位利益相关方与专家组成一个流域管理机构，他们根据各自的需要提出流域管理策略，并负责具体执行与实施。
第四，流域规划是流域综合管理必不可少的手段。编制流域综合规划是流域管理机构进行流域综合管理的重要手段，几乎所有的流域管理机构都将编制流域综合规划作为最重要和最核心的工作，通过流域综合规划对支流和地方的流域管理进行指导，而且规划的目标和指标常常是有法律效力的。墨累－达令河流域在流域机构建立之初，就编制了《墨累－达令河自然资源管理战略》，近期又将之更新为《墨累－达令河流域综合管理策略》，并编制了《盐碱化防治规划》等专项规划。在1996年洪水之后，莱茵河流域编制完成了《莱茵河洪水防御计划》等规划。《欧盟水框架指令》的核心也是编制流域综合管理规划。根据该《指令》，所有国家的流域（管理）区必须每六年制订一次流域管理规划与行动计划。
流域综合规划的内容包括被广泛接受的远景目标、近期目标、规划期限、组织方式、规划咨询与实施等。从国际流域管理规划的内容来看，传统的规划比较注重工程与项目规划，而近期的流域综合规划则更加注重目标的设定、重要领域的选择、优先区与优先行动的设定，而很少会涉及单个具体的工程项目计划。共同的被广泛接受的远景目标对于实现流域综合管理是至关重要的。欧洲人能够清晰地表述莱茵河流域治理的目标，例如“让大马哈鱼重返莱茵河”“到莱茵河洗澡”等。
第五，引入经济手段与完善投融资机制是实施流域综合管理的重要方面。流域管理的经济手段是多种多样的。澳大利亚通过联邦政府的经济补贴，来推进各省的流域综合管理工作。莱茵河流域管理机构与欧盟则采用补贴原则，如果某国达不到所设定的标准，欧盟委员会将对该国进行处罚。加拿大哥伦比亚河流域则把水电开发的部分收益对原住民进行补偿，用于社区流域保护与教育活动。荷兰通过规范河漫滩的采砂权来筹措河流生态恢复的资金。南非则将流域保护与恢复行动与扶贫有机地结合起来，每年投入约1.7亿美元雇用弱势群体来进行流域保护，改善水质，增加水供给。
流域管理的融资手段也是多种多样的，其中政府投入、项目投入与流域机构服务收费是流域管理的主要融资渠道。加拿大弗雷泽河流域通过流域内对居民每人每年征收0.07加元作为流域理事会的经费来源，而墨累－达令河流域管理机构规定不能接受私人或私营部门的捐款。
第六，利益相关方参与是流域综合管理的基本要求，也是保障社会公平性的基本形式。所有利益相关方的积极参与，实现信息互通、规划和决策过程透明，是流域综合管理能否实施的关键。增加决策的透明度、推动利益相关方的平等对话（包括所有水用户）是解决水冲突的最佳方法。按照澳大利亚昆士兰省《水法案》，在制定流域规划时需要进行两次对公众的咨询过程，并要有书面咨询报告。《欧盟水框架指令》提出了关于在《指令》实施中积极鼓励公众参与的总体要求，要求在规划过程中进行三轮书面咨询，并要求给公众提供获取基本信息的渠道。根据流域管理的内容与要求不同，利益相关方参与的机制也有所不同，例如参加流域决策机构、流域管理机构或流域咨询机构，参与规划的制定，参与规划的咨询，参加规划的听证会，以及及时告知受影响群体等。
第七，坚实的信息和科技基础是实施流域综合管理的重要支撑。流域综合管理需要坚实的信息与科学基础，其中完善的流域监测网络和现代信息技术应用对进行流域自然、社会、经济的综合决策与管理至关重要。只有科学地认识流域问题才可能作出科学的规划与决策。因此，许多流域管理机构均通过各种方式提高其科技支撑能力。另外，有关流域科学知识的传播也同等重要，只有社会各界对流域的生态与环境问题具有科学共识，才能采取一致的行动来保护与重建流域生态系统。
第八，开展宣传教育、提高公众意识是一项长期而艰巨的任务。在许多政府机构、流域机构、水企业或其他相关机构中，都有主管宣传的部门，负责宣传与提高公众意识，其中包括对来访者的接待、组织各种各样的宣传教育活动（包括中小学生参加的活动）。宣传资料也多种多样，从规划、技术报告、流域机构的年度报告，到小的折页，书签等等，而且都是免费提供的。只有提高流域内公众的意识，并让其自觉和主动地参与保护与恢复行动，才能真正实现流域管理的目标。
